この現象を確認したのは、少し特殊な環境下だった。
jsファイルを格納しているディレクトリにおいて.htaccessで.jsでPHPを起動するように設定
js起動時に、設定値を変数に反映するためだった。
この設定が、jQueryの本体ファイルにおいて<?もしくは?>の語句に反応し、jqueryを認識しないようになっていた。
が、この現象においてエラーとなる端末と、エラーにならない端末があった。
解決策は、PHPの記述を必要とするJSを別ディレクトリに分け、ｊQueryの設定ディレクトリから.htaccessを削除した。