ER図を描くなら…

DBを設計する上で、設計をチャートとして書くのはかなり便利。
古くからER図というDBの設計チャートが存在しているが、これを描画するツールで使えるのはそう多くない。

MySQLに特化しているツールにはなるが、MySQLWorkBenchというのがある。

MySQLが有志のソースを引き継いで開発を行なったという経緯がある。

MySQLのサーバに対して、チャートとして設計したテーブル構造等を反映することもできるし、DBからチャートをリバースエンジニアリングすることも出来る。

英語ではあるものの、今のところ無料だ

http://www-jp.mysql.com/products/workbench/